Мне кажется разбивка по регионам не так важна.
А проблемы с систематизицией у всех нормальных людей имеются. У меня в компе тоже уже масса папок и по открытым предприятиям есть и по закрытым и ОД, нормативные м-лы по подразделам, судебная практика арбитражная и общая, ит.д. и т.д.
Худо-бедно...