У меня лично было - в залоге у банка были оборотные средства (лекарства) на 12 млн.р. При инвентаризации было обнаружено на 500 руб. Банк заявился ка залоговый кредитор на 12 млн.р., пришлось заявить возражения. АС встал на мою сторону, нет предмета залога в наличии, значит требования не могут быть установлены. Банк дошел до ФАС, так и не стал залоговым кредитором.
У КУ в вашем случае есть логическое зерно - предмет залога - наличие животных в залоге. В связи с изъятием из-за заражения - это форс мажорные обстоятельства, не зависящие от залогодателя. Животные должником не реализованы. Получение из казны возмещение - это возмещение убытков. Впрочем, дискутировать на эту тему можно долго, у меня нет времени и сил, извините.