Интересное СРО, ничего не скажешь.
Технических проблем именно с выплатой з/платы из-за того, что ИП уже не ИП, у Вас возникнуть не должно. Работнику деньги, государству НДФЛ, взносы по ситуации, ибо 4-я текущих..
По поводу судебной практики, имхо, с точки зрения права разницы привлекать...