Посмотрите дело №А50-13451/2006, в т.ч. постановление кассации, может быть, чем-нибудь будет полезно?
Наверное, надо выходить в АС с заявлением о признании незаконным исключения ООО из ЕГРЮЛ как недействующего юридического лица. Там срок 3 месяца по ст.198 АПК.