Вы, наверное, что-то путаете.
Во-первых, никто не освобождается от уплаты налога с дохода, полученного с продажи квартиры, если она была в собственности менее определенного срока(3 или 5 лет). Просто действует правило зачета налогового вычета в 13% с суммы до 2млн и, если доход менее этой суммы, то и получается, что ничего не оплачивается(налог начислен все равно будет, но он будет погашен налоговым вычетом). Причем, налоговый вычет можно выбирать постепенно, а не с одной сделки, до достижения указанной суммы, так что это может быть не 1 раз.
Во-вторых, ПОДОХОДНЫЙ налог 13% потому так и называется, что платится именно с дохода, а не со все стоимости продаваемой квартиры, то есть хоть 10 квартир можно продать и не заплатить ни копейки налога, если с продажи не получен доход(разница между ценой продажи и ценой покупки). Иначе не было бы смысла в занижении цены в ДКП, на чем часто настаивают перекупы.